一、BLAST+下载
在ncbi官网下载压缩包：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/：
根据操作系统选择合适的版本，我使用的服务器版本是64位linux操作系统，则选择ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz。可以在本地下载，解压缩后上传到服务器上，也可以直接在服务器上下载解压缩。将文件重命名为blast，重命名是为更方便地添加PATH变量，也方便后面地操作，但并不是一定要重命名。
这时进入blast/bin，你可以看到你需要的程序都在里面：blastn,blastp,psi-blast。注意查看以下这些可执行程序的权限，建议都改为777，否则可能因为权限原因之后的命令无法执行。
接下来，把blast路径添加到PATH变量中切换为root用户，执行vim /etc/profile，在最末尾添加：
export PATH=/home/cmq/blast/bin:$PATHPATH的值需要根据实际blast的存放位置做出修改。也可以在你所在的用户目录下的.bashrc文件中修改，添加相同的语句，运行source ~/.bashrc即可。
判断是否安装成功，运行语句：
blastn -version
成功显示版本号就代表安装成功。
二、建立本地数据库
根据自己的需求下载合适的数据库，我这里用到的是uniref50.fasta，创建文件夹uniref50-db，并将uniref50.fasta移动到该目录下，并进入该目录：
mkdir uniref50-db
cp uniref50.fasta uniref50-db
cd uniref50-db进入目录后，利用makeblastdb命令建立本地蛋白质序列数据库：
makeblastdb -in uniref50.fasta -dbtype prot -out unirefdb- -in:建立本地数据库需要的fasta文件
- -dbtype：数据库类型，核苷酸的为nucl，蛋白质的为prot
- -out：数据库名称
这是主要的三个参数，还有其他参数可以自行百度。makeblastdb命令比较耗时，可以利用nohup在后台保持运行状态，大约需要1000-2000秒。创建成功后，uniref50-db目录下会出现许多文件：
(nohup.out是nohup命令自动生成的文件)
三、简单的测试
数据库搭建好后，可以利用blastp命令在数据库中找同源序列。
blastp -query demo.fasta -db uniref50-db/unirefdb -out demo.txt有一点很奇怪，uniref50-db目录下没有unirefdb的文件，都是unirefdb带后缀名，但是这样确实能运行。运行成功后，会生成一个txt文件。
